Ежегодно Воронежская духовная семинария выступает в качестве организатора научного церковно-общественного форума «Митрофановские церковно-исторические чтения», который имеет статус регионального этапа международных Рождественских образовательных чтений. В рамках Митрофановских чтений на базе Семинарии проводится Всероссийская научная конференция «Богословие. Философия. История».
В 2016 году в лике святых был прославлен последний дореволюционный ректор Воронежской духовной семинарии святитель Серафим (Соболев), архиепископ Богучарский (+1950). Это событие побудило к проведению Серафимовской научно-богословской конференции, которая ежегодно проводится в конце мая.
Преподаватели и студенты Семинарии принимают активное участие в конференциях, чтениях, круглых столах и иных научных мероприятиях, которые проводятся как в Воронежской области, так и за её пределами. Регулярно студенты Воронежской духовной семинарии выступают с докладами на студенческих конференциях Санкт-Петербургской духовной академии, Смоленской, Екатеринодарской духовных семинарий и иных учебных заведений.