Кафедры являются основными учебно-научными структурными подразделениями Воронежской духовной семинарии, обеспечивающими проведение учебной, воспитательной, научной и методической работы.
16 июня 2015 года на основании решения Ученого совета ВДС от 11 июня 2015 года в Воронежской духовной семинарии были созданы: кафедра библейских и богословских дисциплин, кафедра церковно-исторических общеобразовательных дисциплин и кафедра церковно-практических дисциплин.
3 сентября 2019 года на основании решения Ученого совета ВДС от 30 августа 2019 года кафедра церковно-практических дисциплин была упразднена, сотрудники упраздненного структурного подразделения включены в состав кафедры библейских и богословских дисциплин, либо кафедры церковно-исторических и общеобразовательных дисциплин.
Кафедра библейских и богословских дисциплин
Кафедра церковно-исторических и общеобразовательных дисциплин