Пастырский факультет является основным учебно-научным и административным подразделением Воронежской духовной семинарии, которое осуществляет подготовку священнослужителей, специалистов в области православного богословия (теологии) и сотрудников православных религиозных организаций.
22 марта 1993 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возрождении в Воронеже духовной школы – Воронежского епархиального духовного училища, основой задачей которого стала подготовка будущих церковных пастырей.
Первый набор в Воронежское духовное училище осуществлялся на двухгодичную программу. Учебный курс духовного училища был сформирован так, чтобы в рамках двухлетней программы студенты получили возможность обзорно изучить полный курс семинарии. Второй набор в Воронежское епархиальное духовное училище в 1994 году проводился уже на трехлетнюю программу, которая предполагала увеличение лекционных часов практически по всем основным предметам. Третий набор в 1995 года обучался уже по четырехгодичной программе, соответствующей полному курсу четырехлетней семинарии того времени. 17 июля 1997 году Священный Синод преобразовал четырехлетнее Воронежское епархиальное духовное училище в Воронежскую духовную семинарию.
В рамках реформы духовного образования конца ХХ – начала XXI века священноначалием Русской Православной Церкви было принято решение преобразовать духовные семинарии из средне-специальных в высшие учебные заведения. В рамках данной реформы в 1999 году был утвержден новый типовой устав духовных семинарий и позднее разработан Церковный образовательный стандарт высшего духовного образования – квалификация специалист в области православного богословия. Преобразование предполагало увеличение срока обучения в семинарии с четырех до пяти лет. 4 марта 2000 года новый устава Воронежской православной духовной семинарии был зарегистрирован в органах юстиции. В начале XXI века Воронежская семинария впервые в своей истории получила статус высшего профессионального религиозного учебного заведения, подтверждением чего стало получение в 2003 году лицензии Министерства образования Российской Федерации на ведение образовательной деятельности по программам высшего профессионального религиозного образования. В 2000 году в Воронежской семинарии производился набор уже на пятилетнюю программу высшего духовного образования, первый выпуск пятилетнего курса состоялся в 2005 году.
25 декабря 2014 года Священный Синод Русской Православной Церкви утвердил обновленный вариант типового Устава духовной семинарии. 17 февраля 2015 года на заседании Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви был утвержден единый для всех духовных учебных заведений Московского Патриархата Учебный план (уровень высшего образования бакалавриат), а также сопутствующие типовые локальные нормативные акты. С июля 2015 г. Воронежская духовная семинария осуществляет свою деятельность по новому типовому Уставу. В соответствии с графиком введения нового учебного плана с 2015 года Воронежская духовная семинария осуществляет набор на образовательную программу подготовки церковных бакалавров. Структура учебного курса соотнесена с требованиями Федерального государственного образовательного стандарта высшего образования по направлению подготовки 48.03.01 Теология. Срок обучения по программе подготовки священнослужителей в соответствии с новым учебным планом сокращен с 5 до 4 лет. В связи с сокращением срока обучения по новому учебному плану возросли требования к образовательному уровню абитуриентов. Для повышения уровня знаний, поступающих на пастырское отделение в 2015 году было создано подготовительное отделение, обучение на котором осуществляется в течение года. После завершения обучения на подготовительном отделении его выпускники поступают на четырехлетнюю программу обучения церковного бакалавриата.
В силу увеличения количества образовательным программ по подготовки будущих пастырей, реализуемых семинарией, пастырское отделение в соответствии с решением Ученого совета от 11 июня 2015 года было преобразована в пастырский факультет. Для координации учебной, методической и научной работы преподавателей духовной школы были созданы три кафедры: библейских и богословских дисциплин, церковно-исторических и общеобразовательных дисциплин, а также церковно-практических дисциплин.
В 2016 году по инициативе и благословению митрополита Воронежского и Лискинского Сергия пастырский факультет, регентское и иконописное отделения, а также студенческое общежитие были переведены в корпус зданий по адресу Ленинский проспект д. 91.
В 2017 году Воронежская духовная семинария получила государственную лицензию на ведение образовательной деятельности в соответствии с Федеральным государственным образовательным стандартом высшего образования по направлению подготовки 48.03.01 Теология (уровень – бакалавриата).